Centrul de Cercetări Matematice şi Informatice este condus de către un Consiliu director ales pe o perioadă de 4 ani, de către colectivul Centrului. Centrul de Cercetări este deservit de un personal de cercetare şi de personal auxiliar de întreţinere. 

Personalul de cercetare îşi desfăşoară activitatea în colective organizate pe proiecte, conduse de un coordonator de proiect. 

Organigrama Centrului este prezentată mai jos: